Endopeptidáza je enzym, který štěpí chemické vazby mezi peptidy v bílkovinných molekulách. Tím napomáhá při rozkladu bílkovin na jednodušší podjednotky. Endopeptidáz je v našem organizmu celá řada, jsou důležité pro deaktivaci funkčních bílkovin a pro trávení exogenních bílkovin.