Fytotoxin je označení pro toxickou sloučeninu, která je rostlinného původu. Chemicky se jedná například o terpeny, glykosidy a alkaloidy.

Pozn: Termín se může využít i v jiném významu a to k popsání sloučenin, které jsou toxické pro rostliny. V běžné mluvě nicméně tyto chemikálie popisujeme spíše jako herbicidy.