Exotoxin je označení pro toxickou sloučeninu tvořenou některými bakteriemi (a případně jinými mikroorganizmy), která je následně z buněk těchto mikroorganizmů uvolňována do okolí. Klasickým příkladem exotoxinu je botulotoxin nebo difterotoxin. Opakem exotoxinu je termín endotoxin, což je toxin pevně vázaný v bakteriální buňce.